Procesi i fiskalizimit të tatimpaguesve, padyshim përbën një ndër objektivat madhore të ATK-së.
Vlen të theksohet, që ky proces është i vazhdueshëm dhe deri më tani janë fiskalizuar mbi 20 tatimpagues, qarkullimi i përgjithshëm i të cilëve përbënë mbi 95% të qarkullimit të përgjithshëm të të gjithë tatimpaguesve në Kosovë.
Duhet pasur parasysh që procesi i fiskalizimit të tatimpaguesve dhe procedura e licencimit të operatorëve për tregtimin e Pajisjeve Elektronike Fiskale (PEF), janë çështje të ndryshme.
ATK, është implementuese e procesit të fiskalizimit, ndërsa : (i) zhvillimi dhe zbatimi i procedurave të testimit dhe miratimit të PEF-ve dhe pajisjeve të tjera, duke përfshirë të gjitha modelet dhe llojet e PEF-ve, që do të autorizohen për shfrytëzim në Republikën e Kosovës, (ii) shqyrtimi i shitësve (tregtarëve) të mundshëm të PEF, për t’u siguruar që i plotësojnë kriteret për licencim, dhe (iii) testimi i modeleve të propozuara të PEF, për t’u siguruar që plotësojnë specifikacionet teknike dhe funksionale, etj. Gjitha këto janë kompetencë e Komisionit për PEF, i krijuar nga Ministria e Financave në përbërje të eksperteve nga fushat fiskale dhe teknike për të zhvilluar procedurat për licencimin e operatoreve ekonomike dhe Laboratorit të autorizuar të Fakultetin e Inxhinierisë Elektrike dhe Kompjuterike. (Përbërje e komisionit: dy anëtarë nga ATK, dy anëtar nga Ministria e Financave dhe një Specialist i pavarur teknik nga sektori akademik).
ATK, mbetet e përkushtuar në realizimin e detyrave dhe përgjegjësive që dalin nga legjislacioni tatimor. Kërkesa e përcaktuar me ligj për të regjistruar transaksionet përmes pajisjeve elektronike fiskale dhe të lëshojnë kuponë fiskal me rastin e shitjes së mallrave dhe shërbimeve, në mënyrë që të mos bëhen objekt i masave ndëshkuese, të parapara me Ligjin mbi Administratën Tatimore dhe Procedurat. Kjo përmirëson aftësinë e Administratës Tatimore, për t’u siguruar që të gjithë tatimpaguesit po i përmbushin obligimet e tyre tatimore dhe po i raportojnë me saktësi të ardhurat e tyre.
Administrata Tatimore ka obligim dhe detyrë të vendosur me ligj, që të sigurojë zbatim të njëtrajtshëm të dispozitave ligjore për të gjithë tatimpaguesit, në mënyrë të njëjtë për situata të njëjta.